La Misión y la Visión que se proponen para el CACYTMAR son las siguientes:

Misión

Promover el conocimiento, el desarrollo y fortalecimiento de la capacidad regional de los sectores científico, tecnológico, educativo y productivo, en el campo de las ciencias y tecnologías marinas, mediante la promoción y ejecución de actividades de investigación y desarrollo en articulación con el Plan Andaluz de Investigación e Innovación y el Plan Estratégico de la Universidad de Cádiz

La gestión del CACYTMAR se fundamenta en los valores de excelencia, responsabilidad social y ambiental, integridad, y equidad.

Visión

Centro de Generación del Conocimiento en el que desarrollan su actividad un grupo de profesionales de la investigación, plenamente comprometidos con sus labores formativas, investigadoras y de relación con su entorno, liderando los procesos de investigación, desarrollo e innovación en el ámbito de las ciencias y tecnologías marinas en Andalucía, estableciéndose como enlace en el intercambio de conocimientos y tecnología con otros centros de investigaciones marinas nacionales e internacionales.